Уровень четвертый
Отдел регулирования магических популяций и контроля над ними
Отдел занимается вопросами, связанными с различными магическими существами. Например, в шестой книге Корнелиус Фадж упоминает о том, что именно этот Отдел контролирует перевозку драконов и сфинкса для Турнира Трёх Волшебников.
В состав Отдела входят Управление по связям с гоблинами и кентаврами. Однако кентавры, предпочитая не иметь с волшебниками никаких дел, ни разу не связывались с этим Управлением с момента его основания. Поэтому в Министерстве фраза «быть переведённым в Управление по связям с кентаврами» означает, что волшебника собираются уволить.
Отдел включает в себя следующие подразделения:
Подразделение зверей
Подразделение существ
Подразделение духов
Управление по связям с гоблинами — Катберт Мокридж — начальник подразделения.
Консультационное бюро по борьбе с вредителями

Уровень пятый
Отдел международного магического сотрудничества
Основной целью Отдела является налаживание международных контактов и привлечение волшебников всех стран к сотрудничеству.
До своей гибели, главой Отдела был Барти Крауч старший. Кем возглавляется Отдел в настоящее время, неизвестно. Также именно в этом Отделе начал свою карьеру Перси Уизли.
По характеру своей деятельности Отдел международного магического сотрудничества схож с «магловским» британским Министерством иностранных дел и по делам Содружества, с той лишь разницей, что в мире волшебников нет эквивалента понятию «Содружество», и Отдел создан с целью обеспечения сотрудничества магов, в то время как его «магловский» аналог не преследует таких возвышенных целей.

Отдел международного магического сотрудничества включает в себя:

Международный совет по выработке торговых стандартов
Международное бюро магического законодательства
Британский филиал Международной конфедерации магов: Международная конфедерация магов имеет много обязанностей, в частности, поддержание международного Статута о секретности. Из книг неизвестно, какой степенью власти обладает конфедерация магов, хотя, возможно, она является магическим аналогом ООН, призванным объединить все Министерства магии в мире.
Известно, что конфедерация была создана в 1692 году. Именно в это время были проведены многочисленные важные законы, такие как, например, установление права волшебников на волшебные палочки. Возможно, конфедерация магов была вовлечена в противостояние Магического Сообщества и маглов во времена гонения волшебников.
Международная конфедерация магов была основана Пьером Бонаккордом, который и стал её первым президентом. В пятой книге выясняется, что президентом конфедерации является Альбус Дамблдор. После гибели Дамблдора пост президента освободился, но кто его занял, остаётся неизвестным.

Уровень шестой
Отдел магического транспорта
Этот отдел отвечает за различные вопросы, связанные с магическим транспортом и включает в себя следующие подразделения:
Руководящий центр Сети летучего пороха: Подразделение отвечает за установку и поддержание Сети каминов, а также за распространение летучего пороха. Сеть летучего пороха состоит из каминов, находящихся во всех волшебных домах, связанных между собой. Сеть позволяет перемещаться из одного камина в другой благодаря магическим свойствам летучего пороха.
Сектор контроля за мётлами
Портальное управление
Трансгрессионый испытательный центр: Является магическим аналогом Агентства по лицензированию водителей и транспортных средств Соединённого Королевства. В этом центре выдаются лицензии волшебникам и колдуньям на право трансгрессии.
Остаётся неизвестным, управляет ли данный Отдел работой автобуса «Ночной Рыцарь».

Уровень седьмой
Отдел магических игр и спорта
Описан в книге как самый непринуждённый — стены коридора Отдела оклеены множеством плакатов, изображающих разнообразные команды по квиддичу. Одной из обязанностей Отдела является организация таких спортивных мероприятий как Чемпионат мира по квиддичу и Турнир Трёх Волшебников. Некоторое время главой Отдела был Людо Бэгмен, питающий страсть к азартным играм. Кто возглавляет Отдел в настоящее время, неизвестно.

В состав Отдела магических игр и спорта входят следующие подразделения:

Штаб-квартира Британско-ирландской лиги квиддича
Официальный клуб игроков в плюй-камни
Сектор патентов на волшебные шутки

Уровень восьмой
Атриум
Атриум представляет собой длинный зал с «паркетным полом, отлакированным до блеска». На синем потолке Атриума появляются и исчезают различные золотые символы, представляя таким образом некую доску объявлений. В стены зала встроено множество каминов, позволяющих сотрудникам Министерства перемещаться с помощью летучего пороха из дома на работу и обратно.

Посреди Атриума расположен фонтан Волшебного братства, украшенный золотыми статуями волшебника, ведьмы, кентавра, гоблина и домового эльфа, установленными в центре круглого бассейна. Статуи волшебника и колдуньи расположены в центре группы, а другие «низшие существа» смотрят на них снизу вверх с обожанием. Такая ситуация весьма далека от реальности, так как кентавры, считая себя намного более разумными существами, нежели люди, предпочитают не иметь с ними ничего общего, и гоблины тоже плохо ладят с волшебниками. В экранизации пятого романа фонтан выглядит несколько иначе, чем он описан в книге. Фонтан разделён на два бассейна, со статуей волшебника в одном и остальными существами в другом. Табличка возле фонтана гласит, что все брошенные в него монетки передаются больнице Святого Мунго.

В пятой книге во время битвы в Министерстве Атриум был сильно повреждён — пол исцарапан, стол охраны сожжён, а фонтан практически разрушен. Был ли он впоследствии восстановлен, неизвестно.

В финальной книге выясняется, что когда Министерство перешло во власть Волан-де-Морта, фонтан Волшебного братства заменили чёрной скульптурой волшебника и волшебницы, сидящих на тронах, которые на самом деле представляли собой сотни переплетённых тел маглов. В основании монумента была выгравирована надпись «Магия — сила». Статуя демонстрировала превосходство чистокровных волшебников над всеми остальными, что было характерно для режима Волан-де-Морта в целом. Некоторые видят в этом намёк на фашистский режим Германии в прошлом. [3] Скорее всего, статуя была уничтожена после окончательного падения Волан-де-Морта.

Недалеко от фонтана рядом с золотыми воротами расположен пост охраны, через который проходят посетители Министерства. Золотые ворота ведут в другой зал, поменьше, где расположено около двадцати лифтов, позволяющих перемещаться по всем уровням Министерства.

Уровень девятый
Отдел тайн
Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Волшебников, работающих в Отделе тайн, называют невыразимцами. Друг Артура Уизли, Бродерик Боуд, работает невыразимцем. Августус Руквуд, шпион и Пожиратель смерти, также работал невыразимцем до своего ареста. Так как деятельность Отдела тайн является засекреченной, это подразделение Министерства магии напоминает реально существующие ЦРУ и СИС, работа которых также держится в строгой секретности от простого населения. Однако сотрудники Отдела тайн скорее являются учёными, стремящимися постичь источники и законы магии.
Несмотря на то, что конкретная деятельность Отдела тайн неизвестна, некоторые детали всё же даются в пятой книге «Гарри Поттер и Орден Феникса». Так, очевидно, Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества.

Отдел тайн состоит из следующих комнат:

Круглая комната с вращающимися стенами. Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Возможно, эта техника является своеобразной охраной от тех, кому быть здесь не положено. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.
Комната мозгов. Описывается как длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём мозгами. Во время битвы в Министерстве Рон Уизли дотронулся до одного из таких мозгов и получил тяжёлые ранения. Мадам Помфри упомянула о том, что раны, нанесённые мыслями, заживают очень долго.
Комната смерти. Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом. Во время битвы в Отделе тайн, упав в проём этой арки, погиб Сириус Блэк («Гарри Поттер и Орден Феникса»). Возможно, за занавесом расположен вход в загробную жизнь, и некоторые могут слышать шёпот, доносящийся из-за занавеса (возможно, те люди, которые видели смерть).
Комната времени. В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно. По предположению Гермионы, это само время.
Комната планет. Описана как тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.
Запертая комната. Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. По словам Альбуса Дамблдора, за этой дверью находится самая загадочная из всех тайн, которые люди пытаются раскрыть. Он говорит об этом так:
В ней [комнате] хранится сила, одновременно более чудесная и более ужасная, чем смерть, чем человеческий разум, чем силы природы. Пожалуй, она ещё и самая загадочная из всех сокровищ, что там хранятся. Именно этой силой ты обладаешь в достатке, а Волан-де-Морт, наоборот, вовсе её лишён. <…> Имя этой спасительной силы – любовь.
Зал пророчеств. Представляет собой огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы — магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание. Остальные же могут пострадать от минутного сумасшествия. Если сфера с предсказанием разбивается, заключённое в ней пророчество произносится, после чего она становится бесполезной.

Уровень десять
Залы суда
Расположены на самом нижнем уровне Министерства, куда не ходят даже лифты, поэтому добраться до зала суда можно, только спустившись по лестнице. Точное количество залов суда неизвестно, но можно предположить, что их как минимум десять (слушание по делу Гарри Поттера проходило в зале суда №10).